!!NA_SCORING_MATRIX_RECT 1.0 Alternate symbol comparison table for the comparison of nucleic acid sequences. These comparison values were the ones originally used by Smith and Waterman to give random paths through a Seller's matrix a an average value of 0. February 20, 1996 15:20 .. { GAP_CREATE 20 GAP_EXTEND 2 } A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z . * ~ & @ ? A 10 -3 -3 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 10 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 -3 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 B -3 10 10 10 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 10 10 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 C -3 10 10 -3 -3 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 10 10 -3 -3 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 D 10 10 -3 10 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 10 10 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 E -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 F -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 G -3 10 -3 10 -3 -3 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 H 10 10 10 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 10 10 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 I -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 J -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 K -3 10 -3 10 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 -3 -3 10 10 10 10 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 L -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 M 10 10 10 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 -3 -3 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 N 10 10 10 10 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 10 10 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 O -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 P -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 Q -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 R 10 10 -3 10 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 -3 -3 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 S -3 10 10 10 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 T -3 10 -3 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 -3 10 10 -3 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 U -3 10 -3 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 -3 10 10 -3 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 V 10 10 10 10 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 -3 -3 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 W 10 10 -3 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 -3 10 10 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 X 10 10 10 10 -3 -3 10 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 10 10 10 10 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 Y -3 10 10 10 -3 -3 -3 10 -3 -3 10 -3 10 10 -3 -3 -3 -3 10 10 10 10 10 10 10 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 Z -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 . -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 * -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 ~ -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 & -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 @ -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 ? -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3