Chou and Fasman structure prediction parameters From: Chou, P.Y., Fasman,G.D. Advances in Enzymology 47, 45 - 147 (1978) Hydropathy Index (column 16) From: Kyte,J.,Doolittle,R.F. J. Mol. Biol. 157,105-132 (1982) OMH hydrophobicity scale (column 17) From: Sweet, R.M., and Eisenberg D. J. Mol. Biol. 171, 479-488 (1983) Support for ambiguous and terminator characters: B = (D + N) / 2 Z = (E + Q) / 2 X = Sum of all residues in column/20 * = X res alpha alpha alpha not not beta beta beta not not turn turn turn turn hydro- OMH N-term C-term alpha alpha N-term C-term beta beta i i+1 i+2 i+3 pathy N-term C-term N-term C-term .. A 1.42 1.29 1.20 0.70 0.52 0.83 0.86 0.75 0.67 0.74 0.06 0.076 0.035 0.058 1.8 -0.4 B 0.84 1.42 0.60 1.20 1.35 0.72 0.52 1.03 1.63 1.23 0.154 0.097 0.185 0.086 -3.5 -1.12 C 0.7 0.66 1.11 0.65 0.94 1.19 0.87 1.11 1.34 0.53 0.149 0.053 0.117 0.128 2.5 0.17 D 1.01 2.02 0.61 0.98 1.06 0.54 0.38 0.85 1.39 1.32 0.147 0.110 0.179 0.081 -3.5 -1.31 E 1.51 2.44 1.24 1.04 0.59 0.37 0.35 0.55 0.92 0.85 0.056 0.06 0.077 0.064 -3.5 -1.22 F 1.13 0.61 1.10 0.93 1.04 1.38 1.50 1.50 0.3 0.44 0.059 0.041 0.065 0.065 2.8 1.92 G 0.57 0.76 0.42 1.41 1.64 0.75 0.63 0.74 1.46 1.68 0.102 0.085 0.190 0.152 -0.4 -0.67 H 1.0 0.73 1.77 1.22 1.86 0.87 0.54 0.9 0.78 0.96 0.14 0.047 0.093 0.054 -3.2 -0.64 I 1.08 0.67 0.98 0.78 0.87 1.6 1.94 1.35 0.59 0.53 0.043 0.034 0.013 0.056 4.5 1.25 K 1.16 0.66 1.83 1.01 1.49 0.74 1.00 0.74 1.09 0.82 0.055 0.115 0.072 0.095 -3.9 -0.67 L 1.21 0.58 1.13 0.85 0.84 1.3 1.3 1.27 0.46 0.59 0.061 0.025 0.036 0.070 3.8 1.22 M 1.45 0.71 1.57 0.83 0.52 1.05 1.43 0.95 0.52 0.85 0.068 0.082 0.014 0.055 1.9 1.02 N 0.67 0.81 0.59 1.42 1.64 0.89 0.66 1.21 1.86 1.13 0.161 0.083 0.191 0.091 -3.5 -0.92 P 0.57 2.01 0.0001 1.1 1.58 0.55 0.66 0.40 1.58 1.69 0.102 0.301 0.034 0.068 -1.6 -0.49 Q 1.11 1.22 1.22 0.75 0.70 1.10 1.65 0.65 1.09 0.77 0.074 0.098 0.037 0.098 -3.5 -0.91 R 0.98 0.44 1.25 0.34 1.24 0.93 0.90 0.90 0.89 1.05 0.070 0.106 0.099 0.085 -4.5 -0.59 S 0.77 0.74 0.96 1.55 0.93 0.75 0.63 0.79 1.41 1.49 0.120 0.139 0.125 0.106 -0.8 -0.55 T 0.83 1.08 0.75 1.09 0.86 1.19 1.17 0.75 1.09 1.16 0.086 0.108 0.065 0.079 -0.7 -0.28 V 1.06 0.61 1.25 0.75 0.32 1.70 1.69 1.79 0.42 0.59 0.062 0.048 0.028 0.053 4.2 0.91 W 1.08 1.47 0.40 0.62 0.16 1.37 1.49 1.19 0.48 1.59 0.077 0.013 0.064 0.167 -0.9 0.5 X 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.089 0.084 0.079 0.088 -0.49 0.0 Y 0.69 0.68 0.73 0.99 0.96 1.47 1.07 1.96 1.23 1.01 0.082 0.065 0.114 0.125 -1.3 1.67 Z 1.31 1.83 1.23 0.84 0.65 0.74 1.00 0.60 1.01 0.81 0.065 0.079 0.057 0.090 -3.5 -1.07 * 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.089 0.084 0.079 0.088 -0.49 0.0